Παραδοσιακά, σχεδόν όλος ο καφές καλλιεργούνταν στη σκιά. Το φυτό του καφέ στη φυσική του κατάσταση δεν είναι πολύ ανεκτικό στο άμεσο ηλιακό φως. Έτσι, τα περισσότερα φυτά καφέ αναπτύσσονται καλύτερα κάτω από τη σκιά ενός θόλου από δέντρα. Σε ένα ιδανικό περιβάλλον, τα φύλλα από τα προεξέχοντα δέντρα θα αποσυντεθούν και θα κομποστοποιηθούν στο έδαφος, δημιουργώντας ένα πλούσιο, υγρό έδαφος στο οποίο ευδοκιμούν τα φυτά του καφέ. Επιπλέον, τα δέντρα από πάνω παρέχουν ένα σπίτι σε αυτόχθονα πουλιά που τρώνε πολλά έντομα που διαφορετικά θα απειλούσαν τα φυτά του καφέ. Ο καφές που καλλιεργείται σε αυτό το είδος περιβάλλοντος θα χρειαζόταν ελάχιστα έως καθόλου λιπάσματα ή φυτοφάρμακα για να αναπτυχθεί. μάλλον, θα αναπτυσσόταν αρκετά καλά από μόνο του.
Το 1972, οι επιστήμονες ανέπτυξαν έναν νέο υβριδικό τύπο φυτού καφέ. Αυτό το νέο φυτό είχε πολύ μεγαλύτερη σοδειά κόκκων από τα παραδοσιακά φυτά καφέ, και επιπλέον, η συγκομιδή ήταν ευκολότερη, επειδή το φυτό παραμένει μικρό σε μέγεθος. Σύντομα, οι φάρμες καφέ σε όλο τον κόσμο μετατράπηκαν στη νέα υβριδική μονάδα. Με τη σειρά τους, οι φάρμες καφέ κόβουν τα ιθαγενή δάση τους για να παρέχουν άμεσο ηλιακό φως στα υβριδικά φυτά καφέ. Από τα περίπου 6 εκατομμύρια στρέμματα γης που παράγουν καφέ σε όλο τον κόσμο, υπολογίζεται ότι το 60% αυτής της γης έχει αποψιλωθεί από το 1972 ως αποτέλεσμα των υβριδικών φυτών καφέ ήλιου.
Η απώλεια δασών στις φυτείες καφέ έχει δημιουργήσει πολλά προβλήματα. Πρώτον, τα αποδημητικά πουλιά που ζούσαν σε αυτά τα δέντρα δεν έχουν πλέον βιότοπο. Υπολογίζεται ότι ο πληθυσμός των αποδημητικών πτηνών έχει μειωθεί κατά 20% τα τελευταία δέκα χρόνια, κυρίως λόγω της απώλειας οικοτόπων. Η έλλειψη δέντρων δεν διακόπτει μόνο τον πληθυσμό των πτηνών. Έχει άμεσο αντίκτυπο σε ολόκληρο το οικοσύστημα μιας περιοχής. Μια μελέτη που διεξήχθη από το Πανεπιστήμιο του Μίσιγκαν διαπίστωσε ότι οι φυτείες καφέ σε σκιά υποστηρίζουν έναν σημαντικό αριθμό άλλων ειδών ζώων και εντόμων. Για παράδειγμα, η μελέτη σημείωσε ότι ένα δέντρο σε μια φάρμα καφέ στη σκιά στην Κόστα Ρίκα φιλοξενούσε 27 διαφορετικά είδη μυρμηγκιών και 126 είδη σκαθαριών. Όταν τα δέντρα της σκιάς εξαφανίζονται, εξαφανίζονται και άλλα ζώα και έντομα, ανατρέποντας την εύθραυστη ισορροπία του φυσικού οικοσυστήματος.
Ένα άλλο πρόβλημα με τον καφέ που καλλιεργείται στον ήλιο είναι η τεράστια ποσότητα συνθετικών χημικών ουσιών που απαιτούνται για την καλλιέργεια του. Επειδή δεν υπάρχουν τόσα αυτόχθονα πουλιά για να φάνε τα έντομα, απαιτούνται φυτοφάρμακα για να κρατήσουν τον πληθυσμό των εντόμων χαμηλά. Τα φυτά του ήλιου καφέ υποβάλλονται επίσης σε επεξεργασία με χημικά λιπάσματα, επειδή δεν υπάρχει θόλος δέντρων που να παρέχει οργανική ύλη που θα εμπλουτίζει φυσικά το έδαφος. Επιπλέον, οι φυτείες που καλλιεργούν τον ήλιο καφέ πρέπει επίσης να βασίζονται στη χρήση ζιζανιοκτόνων για να συγκρατούν τα ζιζάνια που αναπτύσσονται υπό την αυξημένη ηλιακή ακτινοβολία (οι φυτείες καφέ σκιάς δεν έχουν τόσα προβλήματα με τα ζιζάνια, επειδή τα ζιζάνια δεν αναπτύσσονται καλά στη σκιά συνθήκες που ευνοούν τα φυτά του καφέ).
Όλες αυτές οι χημικές ουσίες που απαιτούνται για την καλλιέργεια των υβριδικών φυτών καφέ ήλιου δημιουργούν μια τεράστια ποσότητα απορροής, η οποία δηλητηριάζει τις κατάντη υδάτινες οδούς λόγω της απορροής και απειλεί την υγεία των εργαζομένων στις φυτείες καφέ. Η έλλειψη δέντρων έχει επίσης δημιουργήσει σοβαρά προβλήματα διάβρωσης του εδάφους. Έχει καταστεί σαφές ότι αυτός ο τύπος καλλιέργειας καφέ δεν είναι βιώσιμος.
Η παραδοσιακή σκιά καλλιέργεια, ωστόσο, είναι μια αυτάρκης και βιώσιμη μέθοδος καλλιέργειας. Προωθεί την αυξημένη βιοποικιλότητα και απαιτεί ελάχιστα έως καθόλου λιπάσματα, φυτοφάρμακα ή ζιζανιοκτόνα. Το Κέντρο Μεταναστευτικών Πτηνών (SMBC) του Ινστιτούτου Smithsonian εργάζεται για την ευαισθητοποίηση και την προώθηση του καφέ που καλλιεργείται σε σκιά μέσω μιας διαδικασίας πιστοποίησης. Αναζητήστε καφέδες που φέρουν τη σφραγίδα έγκρισης “Bird Friendly” του SMBC ή αν δεν μπορείτε να βρείτε τέτοιους καφέδες, απλώς αναζητήστε αυτούς που καθορίζουν τις συνθήκες καλλιέργειας σε σκιά.
Ο μόνος τρόπος αντιμετώπισης αυτού του προβλήματος είναι μέσω της ζήτησης των καταναλωτών. Κάθε αγορά καφέ από σκιά βοηθά στην αποκατάσταση των μεθόδων καλλιέργειας φυσικού καφέ. Οι λάτρεις του καφέ και οι λάτρεις των πουλιών ενωθούν και αγοράζουν μόνο καφέ από σκιά!